Installer RStudio, R et ses modules complémentaires

André Ourednik, Wednesday, March 14, 2018

R_interface_colored

Cet exercice a pour préalable d’avoir installé R et RStudio, soit avec le gestionnaire Miniconda, soit comme logiciels indépendants.

Ouvrez RStudio. Vous devriez voir l’interface comme à l’image ci-dessus, pour l’heure sans la partie A. La partie C est en principe vide:

Les fonctions de ces différentes parties sont les suivantes:

  • A : Fenêtre d’affichage des fichiers sources. Ici vous pouvez notamment écrire votre fichier de script, sélectionner des parties et les exécuter avec Ctrl-Enter (Cmd-Enter sur Mac). Les onglets de tableaux de données s’affichent aussi ici.
  • B: Console. Ici, vous pouvez écrire des lignes de commandes directement. Appuyez sur Enter pour exécuter une ligne que vous venez d’écrire. C’est aussi là que s’affichent les éventuels messages d’erreur.
  • C: Fenêtre environnement. Ici s’affiche la liste des objets que vous avez créés. Ces objets peuvent être de simples variables, des tableaux, des fonctions, des objets graphiques etc.
  • D: Fenêtre multionglets: Files sert à naviguer dans le système de fichiers de votre ordinateur, Plots affiche les graphiques, Packages affiche les paquets disponibles et chargés (lorsque cochés). Help donne de l’aide sur les fonctions.

Créez un nouveau projet en choisissant File>New Project… Choisissez New Directory dans la fenêtre de dialogue qui s’ouvre. Placez votre projet sur votre ordinateur à un endroit dont vous vous souviendrez. Par exemple le bureau.

RNewProject

Naviguez jusque dans le dossier où vous venez de déposer votre  nouveau projet et déclarez que vous travaillez dans ce dossier (Set as Working Directory) dans la fenêtre D, sous le menu More. Dès lors, tous les fichiers et dossiers contenus dans ce dossier sont plus facilement accessibles depuis le code R:

RWorkingDirectory

Créez un nouveau fichier de script R. (File>New File>R Script). La fenêtre A s’ouvre. Elle est vide pour l’heure.

Sauvegardez votre nouveau fichier de script en pressant Ctrl+S (ou avec File > Save) et en lui donnant un nom de votre choix. Ce fichier sera sauvegardé dans le Working directory.

Exécuter des lignes de code

Écrivez

dans la fenêtre A  qui montre le fichier que vous venez de créer. Vous venez de commencer à écrire un script. Sauvegardez votre travail en pressant Ctrl+S (ou avec File > Save).

Cliquez n’importe où sur la ligne où vous venez d’écrire demo(graphics) et pressez Ctrl+Enter.

Vous venez d’exécuter une ligne de code à partir de votre fichier de script. Une série de graphismes devraient s’afficher dans l’onglet Plots de la fenêtre D.

Dans la console (B) écrivez :

et pressez Ctrl+Enter. Vous venez d’attribuer la valeur 2 à la variable a. Dans la console (B) écrivez :

La console devrait afficher:

Pour la suite de ce tutoriel, ajoutez les lignes de code listées ci aprés à votre script dans la fenêtre A. Exécutez-les en les sélectionnant et en pressant Ctrl+Enter, comme vous l’avez fait avec demo(graphics). Utilisez cette méthode pour exécuter chaque bout de code proposé dans le suite du présent tutoriel, après l’avoir copié dans votre fichier de script.

Les lignes ou parties de lignes précédées d’un # sont des commentaires du code, que R n’exécute pas.

NB: Dans les codes qui suivent, remplacer d’éventuels “&lt;-” par un signe “inférieur à” suivi d’une flèche inversée <-  .

Les modules complémentaires (packages)

Installez les modules suivants à l’aide du package manager de RStudio. Pendant l’installation, renseignez-vous éventuellement sur le rôle de chaque paquet en faisant une recherche par nom sur Internet. Exemple: ggplot2.

  • ggplot2
  • reshape

Pour installer, choisissez l’onglet Packages dans la fenêtre D. Cliquez sur Install. Une fenêtre de dialogue s’affiche: R Package Manager

Dans la fenêtre écrivez le nom du paquet que vous souhaitez installer et pressez sur le bouton Install:

R_install_ggplot

Les modules peuvent aussi être installés en ligne de commande, ou exécutant un script. Installez les autres paquets dont nous aurons besoin à l’aide du code suivant:

Activez les paquets installés

Afin d’activer un paquet, cochez la case correspondante  dans le navigateur des paquets de Rstudio.

Alternativement, et de manière plus rapide, chargez les paquets à l’aide de la commande library(“nom_du_paquet”). Vous pouvez copier les lignes suivantes, les coller dans la fenêtre A et les exécuter en les sélectionnant et en pressant Ctrl+Entrer (Commande+Enter sur un Mac). Il est en effet possible  d’exécuter non pas une seule ligne mais une sélection entière de code.

R_execute_codeblock

Pour exécuter un bloc de code dans R, sélectionnez les lignes de code et pressez sur Ctrl+Enter (Cmd+Enter sur un Mac).

  •  
  •  
  •  
  •  
  •  
  •  
Cite as: André Ourednik (2018) « Installer RStudio, R et ses modules complémentaires » in Maps and Spaces from https://ourednik.info/maps/2018/03/14/installer-rstudio-r-et-ses-modules-complementaires/ [Last-seen October 18th 2018].
Category: Courses, Tools